fastqc的线程与速度测试

  之前文章写了bowtie2和bwa的比较，发完之后立刻被师姐批评指正了，然后师姐又给我补充了一个知识，就是不同软件都有它的最佳线程数，不是线程越高就跑的越快，直接一个软件定个24线程是不合理的。至于这个最佳线程数是多少，说明书要是没有的话，要么自己评测，要么问问作者。

  我看了bwa的说明书，没有相关说明，粗略的查了一下帖子也没看到。让我自己评测一下bwa的速度，我是嫌麻烦的，于是我就尝试着评测一下fastqc。因为一开始我就是加大了这个的使用线程，也没考虑是不是有必要，而且这个速度也快，操作也方便，所以做个简单的速度测试。

  软件是fastqc，选用的对象是一个cleaned data，还是比较大的，测试脚本如下：

$ time fastqc -o singleout1/ -t 1 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout3/ -t 3 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout6/ -t 6 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout8/ -t 8 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout12/ -t 12 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout16/ -t 16 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout24/ -t 24 1.fq.gz

  结果如下：







  看到这个结果，我……有点吃惊的，居然都是一样的。那我脚本里写那么大的线程意义何在？

  所以我又加了一个测试，测试多个样本下的不同线程的速度，当前文件夹下有4个fq文件。测试脚本如下：

$ time fastqc -o allout1/ -t 1 *.fq.gz
$ time fastqc -o allout6/ -t 6 *.fq.gz
$ time fastqc -o allout12/ -t 12 *.fq.gz

  结果如下：

  我想大家已经看出来了，对于单个样本，fastqc每增加一个线程并不改变运行速度，但是对于多个输入文件，每增加一个线程会多并行跑一个输入文件，就是说，比如输入四个文件，四线程会同时跑四个文件，单线程只能一个一个跑。

  能得到一个结论还是挺开心的，那么以后在fastqc线程选择的时候也就知道多少的线程数是有必要的。

  水平有限，要是存在什么错误请指出，可发送邮箱至shiyuant@outlook.com！请大家多多批评指正，相互交流，共同成长，谢谢！！！